合同的不同直接影响工程的结算方式，清单结算模式下的常用合同的有综合单价及固定总价两种方式。而不论采用那种结算方式，工程变更和工程签证都是过程中比较麻烦且在结算中容易出现争议的环节。甲乙双方在工程开工之前通常都会在合同中采用某种方式对这两种情形进行约定。但由于工程的复杂性及单样性等特征，往往会发生很多合同约定外的情况，由此造成双方互相扯皮、翻脸甚至对簿公堂。这个时候要想做好工程结算就是不大可能的事情了。因此，工程的结算绝不能把眼光紧紧的盯到结算上，而是应该立足于全过程。
1.清单模式下签订了固定总价合同，仅调整变更、签证部分，约定范围内的工程价格不调整（任何情况均不调整）。同时要保证清单报价中的单价的完整性合理性及约定一种独立的调增调减的办法，防止以后的调整变更的时候要重新确定综合单价。
例如，牟个房间的地面做法放生改变，调整的时候是按照清单量还是按照图纸重新计算？如果清单工程量准确则没有什么问题，万一清单工程量与实际工程量有了较大差异，则这种约定就可以防止变更调整时的扯皮。对于清单中没有的项目，可以约定按照当地的定额、当地的政府指导价格、当地的取费程序、优惠率等进行调增及调减。形式则为承包人对有关细目提出的价格将采用新的价格，监理工程师审查，业主批准。如监理工程师认为所报价格不合格适，可退回承包人对所提出的新的价格进行修订。如监理工程师与承包人不能就新价格达成一致时，可请造价部门审定；暂定价的材料、设备可按经业主或监理工程师签证的发票价格取差价，差价部分只计税金。
2.清单模式下签订了单价固定合同，条件允许，尽可能的签订单价不调合同（不因任何情况而改变）。如果签订了单价可调合同，则要对所有涉及到价格调整的因素纳入合同。
例如：政策、法规的变化、项目特征描述不清楚、变更导致的工程量增减超出一定的幅度而引起的单价变化、市场价格波动超出一定的幅度等等。给出详细的计算公式，参考的依据为官方相关资料。价格调整形式上同总价固定合同。
3. 变更、签证在执行的过程中，有如下需要注意的地方：
1) 要保证乙方对甲方正式发出的变更、签证通知单，应及时、完整的执行，甲方按照合同约定，及时足量